약국 세무기장 | 세무회계 문경

약국 세무기장은 조제 매출과 판매 매출을 나눠 적고, 함께 쓰는 비용과 근무약사 급여까지 한 장부에 맞추는 일입니다.

약국은 개업 첫해부터 복식부기 장부를 써야 하는 업종이라, 장부 준비도 개업과 함께 시작합니다.

약국은 개업 첫해부터 복식부기로 장부를 써야 하나요?

네, 약국은 매출이 적어도 간편장부 대상에서 빠지므로 첫해부터 복식부기로 장부를 씁니다.

소득령 208조 5항은 간편장부 대상을 정하면서 147조의2의 사업자를 따로 뺍니다.

그 147조의2에 의료업·수의업과 함께 약국을 개설한 사업자가 들어 있습니다.

신규 개업자도 이 제외에 해당하므로 개업한 해라고 달라지지 않습니다.

복식부기의무자는 사업 거래·인건비·임차료를 사업용계좌로 주고받아야 합니다(소득법 160조의5).

개업과 동시에 복식부기의무자가 된 약국은 다음 과세기간 시작일부터 6개월 안에 사업용계좌를 신고합니다.

수입금액이 15억원 이상이면(도매 및 소매업 기준) 소득령 133조의 성실신고확인 대상이 됩니다.

약국 세무기장을 맡기면 무엇을 정리하나요?

조제 매출과 판매 매출을 나눠 적고, 공단 입금은 원천징수 전 금액으로 맞춰 장부에 올립니다.

• 청구 프로그램의 조제 매출 (공단부담금·본인부담금)과 비급여 조제 매출
• 일반약·의약외품·건강기능식품 같은 과세 판매 매출
• 카드·현금영수증 결제액과 과세·면세 신고액의 대조
• 의약품 매입 세금계산서의 판매용·조제용 구분
• 근무약사·직원 급여의 원천세 신고와 지급명세서

처방전에 따른 조제는 부가령 35조에 따라 면세이고, 처방전 없이 파는 물건은 과세입니다.

임차료·전기료 부가세는 전액 공제되나요?

아니요, 과세·면세에 함께 쓰는 비용의 부가세는 면세 매출 비율만큼 공제되지 않습니다.

부가법 40조와 부가령 81조에 따라 공통매입세액에 면세공급가액 비율을 곱한 금액이 불공제됩니다.

예정신고 때는 그 기간의 비율로 나누고, 확정신고 때 1년 치로 정산합니다.

위 표는 총공급가액 10억원 가운데 면세가 7억원인 약국의 계산 예시입니다.

면세 매출이 5% 미만이면 나누지 않지만(공통매입세액 500만원 이상은 제외), 조제 매출이 큰 약국에는 해당하기 어렵습니다.

약국도 간이과세로 시작할 수 있나요?

아니요, 약국은 부가령 109조가 정한 간이과세 배제 업종이라 처음부터 일반과세자입니다.

부가령 109조 2항 7호는 의사업·한의사업·수의사업과 함께 약사업을 간이과세 대상에서 뺍니다.

일반과세자이므로 인테리어·조제 설비에 붙은 부가세도 매입세액 공제를 검토할 수 있습니다.

다만 이 설비도 조제와 판매에 함께 쓰이므로, 공제는 과세·면세 비율에 따라 나뉩니다(부가령 81조).

카드 발행세액공제는 약국 매출 전부에 적용되나요?

아니요, 부가세가 붙는 판매 매출을 카드·현금영수증으로 받은 부분만 공제 대상입니다.

부가법 46조는 부가세가 과세되는 재화·용역을 공급하고 카드전표 등을 발급한 경우에만 공제를 줍니다.

공제율은 발급금액의 1.3%, 한도는 연 1,000만원입니다(2026년 12월 31일까지).

직전 연도 공급가액이 10억원을 넘는 개인사업자는 부가령 88조에 따라 사업장 기준으로 공제에서 빠집니다.

10억원을 따질 때 면세 조제 매출을 넣는지는 약국별로 따로 확인합니다.

약국을 인수하면 권리금 세금은 어떻게 처리하나요?

권리금을 주는 양수인이 기타소득으로 원천징수하고, 받는 양도인은 종합소득세 신고 때 정산합니다.

점포 임차권을 포함한 영업권의 대가는 소득법 21조 1항 7호의 기타소득입니다.

필요경비는 소득령 87조에 따라 받은 금액의 60%이고, 원천징수세율은 소득법 129조에 따라 20%입니다.

지방소득세 80만원을 더하면 양수인이 떼는 금액은 880만원입니다(계산 예시).

사업용 토지·건물과 함께 넘기는 권리금은 소득법 94조에 따라 양도소득으로 봅니다.

사업에 관한 권리와 의무를 그대로 넘기는 포괄 사업양도는 부가법 10조 9항에 따라 부가세가 없습니다.

약국은 약사법 20조에 따라 약사·한약사만 개설할 수 있어, 인수한 약사도 새로 개설등록을 합니다.

근무약사 급여를 세후 금액으로 계약해도 되나요?

세전 금액으로 계약해야 원천징수, 임금명세서, 퇴직금 계산이 한 기준으로 맞습니다.

근로기준법 48조는 임금을 줄 때 구성항목·계산방법·공제 내역을 적은 임금명세서를 주도록 합니다.

실수령액만 정해 두면 세금과 보험료를 누가 얼마나 부담했는지 명세서에 적기 어렵습니다.

퇴직금도 실수령액이 아니라 세금·보험료를 떼기 전 임금으로 계산합니다.

근무약사 급여는 근로소득 간이세액표로 매달 원천징수합니다(소득법 129조).

약국 세금 신고 일정표

약국은 매달 원천세, 1년에 두 번 부가세(면세 수입금액 포함), 5월에 종합소득세를 챙깁니다.

과세·면세를 함께 하는 약국은 부가세 신고 때 면세 수입금액을 함께 신고하면 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다(소득법 78조).