약국 세무사가 정리한 조제 매출 면세 범위와 공단 조제료 3% 원천징수

약국 매출은 같은 계산대에서 결제되지만 세금은 두 갈래로 나뉩니다.

처방전에 따라 조제한 매출은 부가세가 면제되고, 처방전 없이 판 물건은 과세됩니다.

이 구분이 흐트러지면 부가세, 공단 원천징수 정산, 면세 수입금액 신고가 한꺼번에 어긋납니다.

이 칼럼은 2026년 10월 법령을 기준으로 조제 매출을 맞추는 순서를 정리했습니다.

약국 조제 매출은 왜 면세이고, 일반약 판매는 과세인가요?

부가세법이 면세로 정한 것은 의약품이 아니라 약사가 제공하는 조제용역이기 때문입니다.

부가법 26조는 의료보건 용역을 면세로 두고, 부가령 35조 4호가 그 범위에 약사의 의약품 조제용역을 넣었습니다.

면세 목록에 '의약품'이라는 물건 자체는 없습니다.

그래서 같은 해열제라도 처방전에 따라 조제하면 면세, 처방전 없이 팔면 과세입니다.

약사법 23조에 따라 약사는 처방전에 적힌 전문의약품과 일반의약품을 함께 조제합니다.

처방전에 들어간 일반의약품이 조제 매출로 면세되는 이유입니다.

생리대는 부가법 26조 1항 4호의 여성용 생리 처리 위생용품이라 약국에서 팔아도 면세입니다.

의약품 매입 부가세도 쓰임새를 따라갑니다

도매상에서 사 오는 의약품에는 부가세가 붙어 옵니다.

판매용 일반약의 매입세액은 공제되지만, 조제에 쓴 의약품의 매입세액은 부가법 39조에 따라 공제되지 않습니다.

조제에 쓴 약은 면세사업에 쓴 매입이기 때문입니다.

일반약을 조제와 판매에 함께 쓴다면, 조제에 쓴 몫을 어떻게 나눌지 약국 사정에 맞게 정해 둡니다.

카드 매출 중 과세 매출은 어떻게 맞추나요?

카드·현금영수증 결제액에서 카드로 받은 조제 매출을 빼면, 과세 매출이 얼마인지 나옵니다.

조제 본인부담금과 비급여 조제비도 카드로 결제되므로, 카드 매출 전부를 한쪽으로 볼 수 없습니다.

면세 수입금액은 청구 프로그램의 조제 매출(공단부담금·본인부담금)에 비급여 조제 매출을 더해 잡습니다.

그다음 카드·현금영수증 합계에서 카드로 받은 조제 매출을 빼고, 남은 금액을 과세 매출 신고액과 비교합니다.

위 표는 한 해 결제 흐름을 단순하게 놓은 계산 예시입니다.

면세 매출을 실제보다 크게 잡으면 그만큼 과세 매출이 빠진 것이 되어, 부가세와 가산세를 다시 계산하게 됩니다.

카드 단말기와 POS의 과세·면세 구분 설정을 개업할 때 맞춰 두면 이 대조가 쉬워집니다.

공단 조제료는 왜 3%가 빠지고 들어오나요?

공단이 주는 요양급여비용 중 조제료 부분은 원천징수 대상 사업소득이라 3%를 떼고 지급합니다.

소득령 184조 1항은 의료보건 용역에서 생기는 사업소득을 원천징수 대상으로 정합니다.

세율은 소득법 129조에 따라 3%입니다.

다만 같은 항 1호는 약사의 조제용역 소득 가운데 의약품 가격이 차지하는 부분을 원천징수에서 뺍니다.

그 비율은 소득칙 88조에 따라 의약품 구입가격을 약제비 총액으로 나눠 계산합니다.

구입가격은 보건복지부가 고시한 상한금액까지만 인정되고, 약제비 총액은 요양급여비용에 본인부담금을 더한 금액입니다.

위 표는 약값 비율을 70%로 놓은 계산 예시입니다.

의료급여비용, 보훈 약제비, 산재 요양급여비용도 같은 방식으로 계산합니다(소득칙 88조).

장부에는 원천징수 전 금액을 적습니다

뗀 3%는 5월 종합소득세 신고 때 이미 낸 세금(기납부세액)으로 빠집니다.

그래서 장부의 수입금액은 통장에 들어온 금액이 아니라 원천징수 전 지급액으로 적습니다.

입금액만 적으면 원천징수된 만큼 수입금액이 적게 잡힙니다.

약국 면세 수입금액을 적게 신고하면 어떻게 되나요?

약국은 면세 수입금액을 적게 신고하면 산출세액이 없어도 덜 신고한 금액의 0.5%가 가산세입니다.

소득령 147조의2는 의료업·수의업과 함께 약국 개설 사업자를 사업장현황신고 불성실 가산세 대상으로 정합니다.

가산세는 소득법 81조의3에 따라 신고하지 않았거나 덜 신고한 수입금액의 1천분의 5입니다.

과세·면세를 함께 하는 약국은 부가세 신고 때 면세 수입금액을 신고하면 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다(소득법 78조).

면세 수입금액 5억원을 4억 5천만원으로 신고했다면 가산세는 5천만원의 0.5%인 25만원입니다(계산 예시).

현금영수증은 업종 단위로 봅니다

국세청 현금영수증 의무발행업종 안내에 '의약품 및 의료용품 소매업'이 들어 있습니다.

건당 10만원 이상 현금 결제는 소득법 162조의3에 따라 손님이 요청하지 않아도 현금영수증을 발급합니다.

다만 소득법 81조의9는 국민건강보험법에 따른 보험급여 대상인 경우 등 시행령이 정한 경우를 미발급 가산세에서 뺍니다.

그 밖의 현금 결제는 10만원 기준에 맞춰 발급하고, 발급 내역을 과세·면세로 나눠 둡니다.